Le traitement d'entretien utilise les salicylés (5ASA ou mesalazine) à petite dose ou dans les formes plus sévères, l'azathioprine ou la méthotrexate (immunosuppresseurs).
Pour les poussées légères à modérées, on utilise des salicylés (5ASA/mesalazine) à forte dose.
Pour les poussées moyennes ne répondant pas aux salicylés, on peut utiliser la béclométasone en comprimés gastro-résistants. La béclométasone est un corticoïde ayant l'avantage de n'agir que dans le côlon, il est donc quasiment dépourvu des effets secondaires classiques des corticoïdes. On peut le trouver sous le nom de Clipper (5mg) en Belgique, Espagne et au Royaume-Uni.
Pour les poussées moyennes et sévères, on prescrit plutôt des corticoïdes (comme la prednisolone) par voie générale (orale ou injectable).
Dans les formes corticodépendantes (si on diminue la dose de corticoïde les signes cliniques réapparaissent) ou corticorésistantes (même les corticoïdes ne permettent pas de faire disparaitre les signes cliniques), et aussi dans les formes sévères de la maladie on introduit de plus en plus un traitement par immunosuppresseur (azathioprine ou méthotrexate).
Pour les poussées graves ou en cas d'échec des précédents traitements, on peut utiliser la ciclosporine (immunosuppresseur) ou depuis 2005 l'Infliximab (Inhibiteur du TNF ou anti-TNF alpha).
La chirurgie est utilisée en dernier recours, c'est le seul traitement permettant de guérir la maladie (si le rectum et le côlon sont enlevés).